Hallo Andreas,
zunächst gab es vor kurzem einen Google Hangout, bei dem unter anderem auch dieses Thema gesprochen wurde. Martin Missfeld hatte darüber gebloggt: http://www.tagseoblog.de/schlechte-links-die-ins-leere-laufen-zaehlen-nicht Schau es Dir doch mal an.
Generell ist mir kein Tool bekannt, was Dein Problem/Deine Frage lösen könnte. Was Du allerdings machen kannst, ist die 404 Fehler, Deine externe – und interne Verlinkung in eine Excel zu kopieren und dann über einen simplen SVERWEIS zu prüfen, ob auf die 404 Seiten Links gehen.
Gruß Stefan